现在让我们考虑一下分类中所采取的规则，而且考虑一下依照以下观点所遭到的困难，此观点便是，分类或者体现出一种未知的创造计划，或者是一种简单的计划，用以表明通常的命题并把相互间最类似的类型归类。大概曾经认为（古代就此般认为）决定生活习惯的那些结构部分，以及任何生物在自然构成中的一般位置对分类有非常大的重要性，这种想法是不对。没有人认为老鼠和鼩鼱、儒艮和鲸鱼、鲸鱼和鱼的外在类似有怎样的重要性。此种类似，尽管如此密切地和生物的一切生活相连接。但只被列为“适应的或同功能的性状”；对于此种类似，以后再来探讨。
任何部分的体制和特殊习性关联越少，它在分类上就越重要，这甚至能够认为是普遍的规律。例如，欧文讲到儒艮时说道：“生殖器官作为和动物的习性及食物关系最少的器官，我一直认为其最直白地表明了真实的亲缘关系。在这些器官的变异中，我们一般不能仅仅把是适应的性状误当成为基本的性状。”至于植物，最不重要的是营养以及生命依靠的营养器官；但最重要的却是生殖器官和其产物种子与胚胎，这是何等让人注意的事！一样的，在以前我们讨论机能上一些不重要的性状，我们看到它们通常在分类上有很大的重要性。这决定于其性状在很多近似群中的稳定性；而其稳定性大都分因为任何微小的偏差并未被自然选择保存及累积起来，自然选择的作用只对有用的性状产生。
某种器官的单一生理上的重要性并没有决定其在分类上的价值。下述事实差不多证明了此点，即，尽管我们能够设想，在近似的群中，相同器官具有基本上一样的生理上的价值，可是在分类上其价值却大不一样。博物学者倘若长期研究过某一群，都被这一事实所打动；并且在每一位作者的著作中差不多都充分地承认了此事实。这里只需引用最高权威罗伯特·布朗的话便可了；他在谈到山龙眼科的一些器官时，提及它们在属上的重要性，“如同其一切器官一样，不单在此科中，并且据我所知在每一自然的科中都是十分不等的，而且在一些情况下，好像完全消失了”。
另外在别的一本著作中他说道，牛栓藤科的各属“在一个子房或多子房方面，在胚乳的有无方面，在花蕾中花瓣做覆瓦状或镊合状方面，都是不一样的”。这些性状的任何一种，单独来讲，其重要性一般在属以上，即便合起来讲时，它们甚而不能够区分纳斯蒂属与牛栓藤。以一个昆虫为例：在膜翅目里的一个大支群中，依照韦斯特伍德所说，触角是最稳固的结构；在另一支群里却有很大的差异，并且在分类上这差异只有非常次要的价值；但是无人会说，在同一目的两个支群中，触角有着不同等的生理重要性。在分类上相同生物的相同重要器官没有同等的重要性，此方面的例子举不胜举。
还有，无人会说在生理上或生活上残迹器官具有高度的重要性：但是毋庸置疑，此种状态的器官在分类上常常有非常大的价值。无人会认为幼小反刍类上颚中的残迹齿与腿上一些残迹骨骼在表现反刍类以及厚皮类之间的密切亲缘关系上是没有用的。布朗曾经大力扶持，残迹小花的位置在禾本科草类的分类上有极大的重要性。
对于那些应该被认为生理上十分不重要的，却通常被认为在整个群的定义上特别有用的部分所表现的性状，有无数的事例可举出。比方说，由鼻孔至口腔是否存在通道，依据欧文的观点，这是区分鱼类与爬行类的唯一性状--有袋类下颚角度的变化--昆虫翅膀的折叠状态--一些藻类的颜色--禾本科草类的花在每一部分上的细毛--脊椎动物中的真皮覆盖物（比如毛或羽毛）的特性。假如鸭嘴兽外面覆盖的是羽毛而非毛，则此不重要的外部性状便会被博物学者看做在决定此种奇怪生物和鸟的亲缘关系的程度方面有极其大的帮助。
细小性状于分类上的重要性，大部分决定于其和很多别的不同程度重要的性状的关系。在博物学中性状总体的价值确是十分显著的。所以，如同常常指出的，某个物种能在若干种性状，不管它具有高度的生理上的重要性或具有基本上普遍的优势上和其近似物种相区别，但是关于它应该排列在哪个地方，我们却一点都不怀疑。所以，也已经了解到，依照任何单独某种性状来分类，无论此种性状多么重要，终究是要失败的，由于体制上无一个部分是永远一成不变的。性状的总体重要性，甚至当其中没一个性状是重要的时候，也能够单独解释林奈所阐释的格言，那就是并非性状形成属，而是属创造性状。因而这一格言好像是用很多略微的类似之点难于明确表示作为依据的。全虎尾科的一些植物有齐全的及退化的花；对于后者，朱西厄说：“物种、属、科、纲所固有的性状，大多数都不存在了，这对我们的分类是一种讽刺。”内当斯克巴属在法国的几年之间只生长这些退化的花，而与此目的固有模式在结构的很多最重要方面十分惊人的不一致时，朱西厄说，里查德敏锐地观察出此属还应该在全虎昆科里保留。这一例子相当好地说明了我们分类的精神。
事实上，在博物学者进行分类工作时，对于认定某个群的或是排列所有特殊物种所用的性状，并不注重它们生理的价值。假如他们找到某种差不多一致的为很多类型所共有的，但不被其他类型所共有的性状，他们就把它看成一个有十分高价值的性状来应用；假如为少数所共有，他们把它看成有次等价值的性状来应用。一些博物学者明确地认为这是正当的原则，而且没有哪一个像卓越的植物学者圣·提雷尔那样明确地如此认为。假如经常发现若干种微细的性状总是合在一起显示，即便它们之间未发现明显的联系纽带，也将给其以特殊的价值。在大部分的动物群中，重要的器官，比方说输送血液的器官或是给血液输送空气的器官，又或是繁殖器官，倘若基本上是一致的，它们在分类上将会被当成为是十分有用的：然而在一些群里，全部这些最重要的生命器官只可以提供非常次要价值的性状。如此，就像近期米勒指出的，在相同群的甲壳类中，海萤有心脏，但两个密切近似的属，也就是贝水蚤属以及离角蜂虻属，都不具备此种器官；海萤的某一物种拥有很发达的鳃，但另一物种却不长鳃。
我们可以知道为何胚胎的性状和成体的性状具备同样的重要性，因为自然的分类必定包括全部龄期。然而依照一般的观点，肯定没法明确地了解为何在分类上胚胎的结构比成体的结构更为重要，可只有成体的结构在自然组成中才可以充分发挥作用。但是卓越的博物学者爱德华兹与阿加西斯坚持认定在全部性状中胚胎的性状是最重要的；并且通常都觉得此种理论是正确的。即便这样，因为未排除幼体的适应的性状，有时其重要性被夸大了；为了解释这一点，米勒单单依照幼体的性状排列甲壳类这一个大的纲，结果证实这并非一个自然的排列。可是毋庸置疑，不包含幼体的性状在类，在分类上胚胎的性状有着最高的价值，不单单动物如此，植物也是这样。如此，区分显花植物主要是依照胚胎中的差异--那就是依照子叶的数目及位置，还有依照胚芽与胚根的发育方式。我们便会看到，为何在分类上这些性状有这么高的价值，这就是说，因为自然的分类是依照家系排列的。